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苹果公司在日本的注册名称是株式会社Apple。株式会社在日本是股份有限公司的意思，这种公司形式在日本非常普遍。因此，在提到苹果公司或其产品和服务时，可以使用这个名称。

在商业文件、法律文件或正式场合使用时，应确保使用准确的名称，并避免任何可能导致误解或混淆的用语，建议在官方渠道或与日本苹果公司相关的人员沟通时确认具体名称。